活塞式制冷压缩机的缺点主要有以下几个方面：
结构与维护方面
结构复杂笨重：活塞式制冷压缩机内部有活塞、活塞环、连杆、曲轴、轴瓦、气阀等众多运动部件，整体结构复杂，导致设备体积大、重量重，占地面积大，安装和搬运较为困难。
易损件多维修量大：气阀、活塞环、活塞等部件在频繁的往复运动中容易磨损、损坏，属于易损件，需要定期检查和更换，维修工作量大，维修成本高，且维修期间设备无法正常运行，影响生产或使用。
运行性能方面
转速受限：受往复运动惯性力的限制，转速不能过高，与其他一些类型的制冷压缩机相比，在相同的制冷量需求下，可能需要更大的体积和更多的部件来实现。
排气不连续：活塞的往复运动使得排气过程不连续，气体压力有波动，会造成气流脉动，容易引起管道振动，严重时可能导致管网或机件损坏。
振动较大：由于活塞的往复运动以及各部件受力不均衡，机器运转时会产生较大的振动，不仅需要专门的基础和减震措施来减少对周围环境的影响，还可能影响设备的稳定性和使用寿命。
部分载荷效率低：在部分载荷操作时，通常采用补助容积或旁路阀等流量调节方式，这种方式功率损失大，效率降低。
气体质量方面
气体带油污：对于有油润滑的活塞式制冷压缩机，在压缩过程中，润滑油会混入气体中，使气体带油污，这对于一些对气体纯度要求较高的场合，需要增加专门的除油设备和工艺来净化气体。
操作管理方面
人力需求大：大型工厂采用多台活塞式压缩机组时，需要较多的操作人员进行监控和管理，增加了人力成本和工作强度。